Ministerstvo financí aktuálně eviduje projekt Čapí Hnízdo jako projekt, který je šetřen ze strany OLAF a Policie ČR. Do doby než budou tato šetření uzavřena, není zřejmé, zda jsou výdaje tohoto projektu způsobilé pro proplacení ze strany Evropské komise či nikoli. Ministerstvo financí o jeho vynětí z alokace pro tento operační program nerozhodlo.
Evropská komise (Generální ředitelství pro regionální a městskou politiku) při přípravě uzavření Regionálního operačního programu regionu soudržnosti Střední Čechy (ROP SČ) a při výpočtu závěrečné platby toho programu pro ČR vzala v potaz tzv. „přezávazkování“ , díky kterému je možné výdaje, u kterých dosud nebylo rozhodnuto, zda jsou způsobilé či nikoli, nahradit jinými způsobilými výdaji programu „ROP SČ“. Proto bude České republice ze strany Evropské komise zaslána platba v plné výši a bude dosaženo vyčerpání maximální výše alokace tohoto programu, kterou je možné od Evropské komise získat.
Zároveň byla Česká republika ze strany Evropské komise vyzvána, aby výdaje tohoto projektu z programu definitivně vyjmula tak, aby již nemusel být řešen ze strany Evropské komise a mohlo dojít k úplnému uzavření programu ROP SČ ze strany Evropské komise. Po dohodě s Regionální radou jakožto Řídícím orgánem ROP SČ bude o vyjmutí či nevyjmutí projektu informovat Ministerstvo financí.
