Nezisková organizace Paralelní Polis upadla do spleti finančních problémů, koncem roku 2016 dosahoval její dluh vůči třetím stranám milionu 180 tisíc korun. I díky úspěšnému Hackers Congressu, mezinárodní konferenci o kryptoměnách a kybernetice, se už ale Polis podařilo dosáhnout vyrovnaného rozpočtu. Uvedl to server E15.cz.
Projekt však dle serveru vyhráno nemá. Nespasí ho ani podporovatelé v podobě miliardářů Karla Janečka a Václava Dejčmara, jejichž investice spočívají „pouze“ v členských příspěvcích, ani zhodnocení bitcoinu, o jehož propagaci členové komunity Paralelní Polis usilují.
Z finančních problémů se Paralelní Polis ale dostala mimo jiné i po změně svého financování, které je nyní více diverzifikované. Dvě třetiny příjmů plynou z coworkingového centra, kavárny, pronájmu prostor a dobrovolných příspěvků komunity. Třetinu nákladů pak pokryjí členské příspěvky, mezi donátory jsou například zmínění Janeček nebo Dejčmar.
